После подключения к FTP Вы увидите следующие папки: bin-tmp, email, etc, logs, php-bin(php-bin5*\70 - в случае если Вы изменяли версию PHP для какого-либо сайта), www.

Для того, чтобы загрузить файлы Вашего сайта на хостинг, зайдите в папку www, в которой Вы увидите папку с названием Вашего доменного имени.

После чего зайдите в папку с именем домена, удалите файл index.html и заливайте Ваш сайт.

Хотим обратить Ваше внимание на то, что папки cgi-bin и webstat системные и удалять их не нужно.
Вы можете также работать с папками и файлами сайта на сервере через файловый менеджер.